En contraste avec les hommes auxquels Jésus n’avait point confiance, bien que certains crues en son nom, Nicodème vient à Jésus avec de vrais besoins. Il veut en savoir davantage sur ce qu’enseignait celui qu’il reconnaissait comme « un docteur venu de Dieu ». Ce qui prouve la réalité des besoins chez Nicodème, c’est qu’il vient de nuit. Par peur il est vrai, mais le désir d’être renseigné selon la vérité se lie à la conscience de l’opposition du monde. La nature n’aime pas l’opprobre ; elle cherche instinctivement à l’éviter. Cependant il vaut mieux aller de nuit à Jésus pour écouter sa parole que de n’y pas aller du tout. Le Seigneur se plaît à répondre au désir de le connaître mieux ; mais, pour apprendre il faut souvent mettre de côté certaines choses qui font partie de nos connaissances religieuses et ne s’accordent pas avec la pensée de Dieu. Ainsi Nicodème vient à Jésus en pensant augmenter ses connaissances comme docteur de la loi. Il ne comprenait pas que Dieu rejetait le système dans lequel il voulait encore être instruit, et qu’il lui fallait une autre nature que celle de l’homme en Adam. Le souffle de l’Esprit transforme l’homme, là où l’humanité l’emporte sur sa condition divine. « Ne sois pas étonné si je t’ai dit qu’il vous faut renaître. Le vent souffle où il veut : tu entends le bruit qu’il fait, mais tu ne sais pas d’où il vient, ni où il va. Il en est ainsi de tout homme qui est né du souffle de l’Esprit. » Par l’Esprit l’homme retrouve la liberté, qui était à l’origine. La grâce de Dieu, le souffle de vie, qui l’anime le rend libre. L’Esprit Saint rétablit l’équilibre, il rend à l’homme son identité de fils de Dieu.
Jésus rappelle à Nicodème que la communauté à laquelle il appartient, manque à son devoir d’enseignement. « Toi, tu es chargé d’instruire Israël, et tu ne connais pas ces choses-là ? Amen, amen, je te le dis : nous parlons de ce que nous savons, nous témoignons de ce que nous avons vu, et vous n’acceptez pas notre témoignage. » Les biens pensants veulent souvent apparaître comme détenteur de la vérité. Mais de quelle vérité parlent-ils, celle du Christ ou la leur ? Jésus est venus témoigner des œuvres que fait le Père, mais les hommes ne l’ont pas reconnu, et n’ont pas accepté son témoignage. Nous ne l’avons pas reçu au milieu de nous jadis, et il en est encore ainsi aujourd’hui. C’est sur une croix comme un vulgaire voleur, que nous l’avons mis et crucifié. En ce jour, par ses propres paroles, il nous invite à nous ressaisir : « Si vous ne croyez pas lorsque je vous parle des choses de la terre, comment croirez-vous quand je vous parlerai des choses du ciel ? Car nul n’est monté au ciel sinon celui qui est descendu du ciel, le Fils de l’homme. »
Comme le serpent de bronze fut élevé par Moïse dans le désert, afin de guérir le peuple élu, des morsures des serpents. Jésus fut élevé sur la croix pour que tous les hommes soient guérit des morsures du péché qui les conduisaient à la mort et leur fermaient les portes du salut. En ce jour accueillons donc, le souffle rédempteur du Seigneur, pour renaître d’eau et d’Esprit. Seul l’Esprit peut témoigner en nous de la présence vivante de Dieu. « Amen, amen, nous parlons de ce que nous savons, nous témoignons de ce que nous avons vu. » (Jn 3.11) Qu’il en soit de même pour vous, alors votre témoignage sera véridique. Il en est ainsi de tout homme qui est né du souffle de l’Esprit.